微生物限度檢測儀的反復使用濾杯和一次性濾杯在以下方面存在差異：

　　1. 成本：一次性濾杯是一次性使用的，因此其成本相對較高。而反復使用濾杯可以反復使用，成本相對較低。

　　2. 便捷性：一次性濾杯是一次性使用的，因此使用起來比較便捷，不需要清洗和消毒等步驟。而反復使用濾杯需要清洗和消毒等步驟，相對較為繁瑣。

　　3. 適用范圍：一次性濾杯適用于一些要求比較高的場合，例如一些需要避免交叉污染的檢測，或者一些需要保證衛生質量的場合。而反復使用濾杯適用于一些常規的檢測，且使用者對衛生條件有較高的要求。

　　以上為兩者間最基本的區別，可以根據實際使用需求進行選擇。